Los orígenes de este Instituto se remontan a 1995, con la creación del Programa Centro de Investigaciones Bioquímicas y Fisiológicas del CONICET, con sede en la Cátedra de Microbiología de la Facultad de Agronomía de la Universidad de Buenos Aires. El Programa fue elevado a la categoría de Unidad Ejecutora en 1999, bajo el nombre de Instituto de Investigaciones Bioquimicas y Fisiológicas (IBYF), en la misma sede. El instituto surgió como consecuencia de la conjunción de los grupos de investigación de Augusto F. García, Atilio J. Barneix y María Susana Di Bernardo de Passeron. La Dra. Bernardo de Passeron fue la primera Directora (1999-2004), y fue sucedida por Augusto F. García (2004-2009) y Raúl S. Lavado (2009-2014). En 2009 se resolvió modificar la denominación del instituto, el que pasó a llamarse Instituto de Investigaciones en Biociencias Agrícolas y Ambientales y cuyo acrónimo es INBA. A partir de 2014 la dirección del INBA está a cargo de Gerardo Rubio.

El INBA tiene por objetivo desarrollar investigaciones básicas y aplicadas para resolver problemas agronómicos y ambientales desde la bioquímica, la nutrición vegetal, la edafología, la biología molecular y la microbiología. A través de nuestras investigaciones, propiciamos el uso sustentable de los recursos naturales y la formación de recursos humanos altamente calificados.

Enmarcados en las ciencias agrarias y ambientales, fomentamos la heterogeneidad temática de nuestras investigaciones, manteniendo una visión amplia que abarca desde el nivel molecular hasta el cultivo, pasando por nivel microorganismo. Las aproximaciones experimentales empleadas incluyen desde condiciones controladas de laboratorio hasta experimentos en condiciones de campo y modelos de simulación. Nuestras actividades se desarrollan con un especial énfasis en la transferencia del conocimiento al sector productivo y social. La formación de recursos humanos es alta prioridad del Instituto, especialmente focalizada en la dirección de tesis de posgrado. Los integrantes del INBA desarrollan actividades docentes en los niveles de grado y postgrado. El Instituto actualmente posee investigadores de las Cátedras de Microbiología, Fertilidad y Fertilizantes, Zoologia Agrícola y Bioquímica de la FAUBA.